斐伊川は、その源を島根県仁多郡奥出雲町の船通山（標高1,143m）に発し、起伏が穏やかな中国山地を下り、横田盆地をゆるやかに流れた後、山間峡谷部を急流になって下り、下流に広がる出雲平野を東に貫流し、宍道湖、大橋川、中海、境水道を経て日本海に注ぐ一級河川です。

下流部の低水路内は平坦な砂河床であり、流路は幾筋にもわかれて安定せず、網目状の砂州を形成しています。