鍾乳洞は、石灰岩が地表水、地下水などによって侵食されてできた洞窟であり、一般に石灰岩地帯に存在する。日原付近は石灰岩でできていて、燕岩（つばめいわ）、梵天岩（ぼんていいわ）、籠岩（かごいわ）とよばれる絶壁がそびえ立っている。日原鍾乳洞は、日原川の支流である小川谷の左岸にあり、洞口は河床から約３ｍの位置にある。洞窟内は鍾乳石、石筍、石柱などを見ることができる。