五色岳（お釜）の周辺は、火山噴出物の堆積層が観察できます。これらの層は火口から繰り返し噴出した火山砕屑物(さいせつぶつ)がつぎつぎに重なってできたものです。また、大型の火山弾が入り込んだために、層が曲がっているところも見られ、堆積した火山砕屑物がまだ固まらないうちに、火山弾が飛んできたことがわかります。

湖の水は強い酸性のため、生物は生息しません。水温は表面から十数メートルの深度で摂氏２度まで下がり、その深度を増すと温度が高くなるという特殊双温水層となっていて世界でも例のない湖になっているそうです。