山全体が鳳来寺の境内になっているとともに，国の天然記念物に指定され地質・生態系・動植物など総合的に保護されている。鳳来寺山周辺には流れのような縞模様のある白い流紋岩や火山灰が堆積してできた白い凝灰岩が多くみられる。1500万年も前には火山活動をしていたと言われている。

鳳来寺山は天竜奥三河国定公園の中にあります。鳳来寺山への登り口近くには展示・解説の充実した鳳来寺山自然科学博物館があります。