親の栄養状態にもよりますが、１回に１０個ほどの卵を産みます。細かい毛の生えた卵は、ふつうからみ合って一塊になっています。親メダカは、水草などに体をこすりつけるようにして、腹から水草に卵を移します。できるだけ、水草のたくさん茂ったところに産みつけるほうが、安全だといえます。